NAT IMMUNOL | 解析泛癌NK细胞图谱

近日，奥斯陆大学医院(Oslo University Hospital) Karl-Johan Malmberg、卡罗林斯卡学院（Karolinska Institute）Aline Pfefferle等人在Nature immunology杂志发表Pan-cancer profiling of tumor-infiltrating natural killer cells through transcriptional reference mapping一文，研究通过单细胞转录组图谱深入分析了自然杀伤（NK）细胞在肿瘤微环境中的功能变化，揭示了肿瘤免疫中的新发现。

该研究生成了健康人血液和组织来源的NK细胞单细胞转录组参考图谱，并利用机器学习方法（转移学习），将肿瘤浸润的NK细胞（TiNK）转录组数据（39个数据集，7种实体肿瘤，427名患者）整合到参考图谱中，以分析肿瘤微环境（TME）诱导的功能变化。

关键发现：

NK细胞亚群注释和基因标志物：识别出六种功能独特的NK细胞状态。

命运特异性基因调控网络：揭示了NK细胞分化过程中主要的转录因子（TF）和基因调控网络。

跨癌种转移学习：生成了泛癌种的NK细胞图谱，揭示了不同组织和肿瘤中的NK细胞状态变化。

肿瘤微环境中的NK细胞功能状态：发现CD56bright状态的NK细胞在TME中易于受抑制，而CD56dim状态的NK细胞表现出较强的抗肿瘤功能。

细胞状态比例与患者预后相关：在恶性黑色素瘤和骨肉瘤患者中，CD56dim效应细胞与CD56bright应激细胞的高比例预示着更好的生存率。